Es el año 2030. Varias explosiones estallan repentinamente en la instalación de investigación nuclear conocida como «LABO». La ciudad envía a «Sirius», un escuadrón de rescate de élite, para hacer frente a la situación. Pero cuando el reactor nuclear de LABO se derrite, la instalación queda bloqueada, con miembros de Sirius y supervivientes todavía atrapados dentro.

La única clave para sobrevivir está en tus manos con el Sistema de simpatía de los sentidos (SSS). A diferencia de las novelas visuales tradicionales, Root Double no tiene “opciones” claras, sino que el juego usa SSS para permitirle al jugador manipular la historia basándose puramente en la emoción. Tus emociones proyectadas sobre los personajes, particularmente tu confianza en ellos, dan forma a la progresión de la historia. Solo con el uso efectivo de este sistema puede reconstruir la verdad y descubrir una salida de la instalación.